Vào tháng 4 năm 2016 xảy ra hiện tượng rất nhiều cá biển chết hàng loạt rồi trôi dạt vào bờ tại vùng biển Vũng Áng (Hà Tĩnh).[16] Hiện tượng này sau đó lan ra vùng biển Quảng Bình, Quảng Trị, Huế.[17] Có nơi mỗi ngày, ngư dân dọc bờ biển vớt được hàng tấn cá chết. Nhiều ý kiến cho rằng hiện tượng trên là do nguồn nước bị ô nhiễm bởi các nhà máy tại khu kinh tế Vũng Áng xả thải gây độc.[18] Qua phân tích, cả nước biển lẫn nước đầm Lăng Cô (Huế) đều bị ô nhiễm, nồng độ PO4 (chỉ tiêu phú dưỡng) ở tầng đáy gấp đôi chỉ số cho phép, làm tăng độ pH trong nước, nhiều khả năng đây là nguyên nhân làm cá chết hàng loạt. Ngoài ra tảo biển phát triển mạnh, cộng với khí độc ở đáy lồng khiến cá thiếu oxy. Từ kết quả phân tích, khả năng cá chết do dịch bệnh đã được loại bỏ.

Ngày 25 tháng 4 năm 2016, ông Hoàng Giật Thuyên - GĐ Phòng An toàn Vệ sinh môi trường của Tập đoàn FHS ở Việt Nam - cho biết, Cty Formosa (Khu kinh tế Vũng Áng, Hà Tĩnh) có nhập 296 tấn hóa chất, gồm 45 loại, trong ba tháng đầu năm 2016 [19]. Điều đáng nói là trong số này có nhiều loại hóa chất mà theo đánh giá của các nhà khoa học là thuộc dạng "độc và cực độc".[20]

Trả lời báo chí, Formosa thừa nhận dùng axit để súc rửa đường ống, đồng thời thừa nhận không thông báo cho chính quyền khi súc rửa “vì không biết quy định này”.[21]